Если вводить начальное сальдо через общий журнал, то могут возникнуть проблему с книгами продаж/покупок в дальнейшем. Только через журналы накладных (журналы платежей)
Какие именно? Всегда без проблем вводили сальдо по контрагентам через "Общий журнал" ГК.