в этой проводке (Д90.03.01 К68) будет НДС только в той части, в которой он начислен по выручке с НДС (Д62.ХХ.ХХ К90.01.01).
Грубо говоря будет начислен налог уже с учетов скидки.
Согласен, т.е. в принципе чистый доход за вычетом налогом посчитать можно.