Некоторый программы, в т.ч. довольно популярные, округляют НДС до рублей.
Аксапта считает НДС сама, более корректно. Отсюда проблема - сумма одинаковая, а налоги разные
Советую использовать Настройка - Налоги. Там корректировать до нужной суммы.
С Уважением,
Георгий