Да уж........
За 1 час могу только подтвердить Ваши собственные мысли.
1. Ручками в Заказе проставлять последние партии, а потом Резервировать по указанному набору Склад+Партия.
2. Создать "кнопочку"- ФИФО/ЛИФО в Заказе, которая будет автоматически заполнять Аналитику Склад+Партия.
3. Переработать методы в Резервировании по Складской модели, но это уже к программистам.
4. Ваш собственный способ........
Пока вижу только такие пути
Жалко, что ограничения мешают работать
Дополнение: 5. При транспортировке приемки обязать складской персонал помещать палеты вниз штабеля - организационная мера.