Гм. Ну я бы их все равно стирал регулярно. По крайней мере - при любых подозрительных проблемах на конкретном компьютере.
Насколько в версии 3.0 поломанно кэширование объектов - никто не знает. Все знают только что при переходе с версии 2.5 пользователи замечают что система стала при каждом входе заново описание форм или таблиц загружать.
Так что еще не известно как на аксапту повляют кривые данные в этих файлах.
Может она их с пользой использовать не умеет, а с вредом - запросто
В общем - я бы все равно их стирал....