В МСФО есть несколько отличий:
1. Другая структура отчетов по сравнению с РБУ (при одинаковых исходных данных) - это действительно решается на уровне настройки отчетов
2. Есть заморочки с курсом валюты - пересчеты Баланса и ПиУ туда сюда, по разным курсам - будет накапливаться некая курсовая разница видимая только в МСФО - это решается доп. проводками на доп. счета, которые будут использоваться только в МСФО
3. Есть заморочки с ОСами. Они по разному и учитываются и принимаются к учету (вроде у нас от 10000р, а у них от 500$)
4. Ну и там еще несколько отличий в проводках - это надо все как-то будет отдельно решать (блин, надо будет решить до декабря... но это я так... не к этому посту)
вот пара ссылок:
http://www.ias-msfo.ru/main_ias.htm
http://www.gaap.ru/diary/