[Константин!]

Совсем забыл В "Продажи клиент Настройка" есть скрытое поле "Расчет НДС по строчно", ставим в нем галку. И все тогда получится..
Как я понимаю это поле добавлено в Российской кастумизации чтобы избежать ошибоки округления НДС в строках заказа.