Инкрементный CIL не настолько инкрементный, как может показаться
Сборка приложения (Dynamics.Ax.Application.dll) состоит из примерно тысячи отдельных файлов - netmodule'ей, и минимальной единицей инкрементной компиляции CIL является такой netmodule. Ядро старается сделать netmodule'и примерно одинаковыми по размеру и для этого как-то там по-своему распределяет объекты приложения между ними. Таким образом, в общем случае при инкрементной компиляции CIL, во-первых, в netmodule кроме изменившихся объектов приложения попадает еще несколько десятков других объектов, которые не менялись, а во-вторых, если изменившихся объектов приложения много, весьма вероятно, что они попадут в несколько разных netmodule'ей. Из-за этого получается, что при инкрементной компиляции CIL после изменения даже одного объекта ядро перекомпилирует десятки и сотни объектов приложения. Проблемы с не изменившимися объектами при этом, как правило, возникают из-за проблем в компиляции кода X++; лечится это, соответственно, компиляцией кода X++ проблемных объектов либо глобальной компиляцией с помощью той же axbuild.