А что мешает делать отгрузку в USD ? Наверное достаточно подкрячить печатные формы, а платежи можно оставить в рублях.
Вообще-то не совсем понятная схема схема работы, если договора рублевые, то на основании чего формируется курсовая разница и какими документами она должна отражаться ? Из какого документа клиент узнает, что он должен 100 баксов, а на 3000 рублей ?
Если валютные, то и отгрузка и документы на нее должны идти в валюте.
А в свете
С 1 октября отменяют НДС по суммовым разницам все будет еще веселее
PS. Мне кажется лучше разобраться со всеми вопросами на оргуровне.