Вариант 1 - Управленческий:
1. Отгрузку выставлять в валюте USD (основная), печать документов подкрячить.
2. Платежи так-же регистрировать в USD с дополнительным пересчетом из исходной валюты, возможно потребуется править отчетики.
3. Или к платежам добавить дополнительно операцию конвертации из RUR в USD через промежуточный счет и далее сопоставлять уже только USD.
О задействовании стандартного функционала курсовых/суммовых/авансовых разниц при основной валюте компании отличной от валюты страны лучше забыть
Вариант 2 - Фискальный:
1. Установить RUR основной, а USD вторичной
2. Отгрузка в USD, платежи в руб, при сопоставлении по российским правилам, все платежи пересчитываются в валюту на дату платежа, а разница формируется на отгрузку.
3. Нужно смотреть как будут формироваться суммы по вторичной валюте и отчеты.