Знакомые 17 пунктов
Чтоб дебагить студией нужно сделать ей Attach to process на Ax32serv.exe. После этого открыть студией нужный исходник (исходники лежат в Server\[AOS Name]\bin\XppIL\source) и ставить брейкпоинт.
По поводу отключения выполнения в IL простых вариантов нет, к сожалению. Теоретически, вместо удаления сервиса из группы (что требует SYS лицензии) можно заменить сервис на фейковый (тоесть создать копию класса сервиса и использовать его в сервисе вместо оригинального). Должно сработать, но я не пробовал.