Насколько я помню, у нас в Ax3.0 была та же проблема. В принципе, она не особо мешала кроме случаев массовой загрузки. При массовой загрузки мы:
- удалили запись в таблице настройки логирования.
- загрузили данные.
- восстановили настройку.
Причем, работал такой подход только в двухуровневой конфигурации. В трехуровневой без перезапуска AOS это не работало.