Если вы знаете маркируемый лот InventTransId и маркирующий InventRefTransId, то можно просто использовать
X++:
InventTrans::updateMarking(InventTransId, InventRefTransId, Qty)
Количество берите как минимум из двух проводок со знаком проводки по InventTransId. На выходе получите маркировку лотов и смаркированное количество.
Разумеется, оба лота должны быть несмаркированными ранее