Вы мыслите так, как реализует понятие периодический реквизит 1С

. Я не говорю - плохо или хорошо

- просто поясняю. Ваш вариант тоже неплох (так например, работают цены и версии спецификаций).
В Аксапте логика следующая: На момент разноски фиксируется "слепок" данных, который должен сохраниться. Последующая распечатка опирается исключительно на этот "слепок" и не опирается на текущие значения справочника (хотя для CompanyInfo в этом случае делается обычно исключение).
Поэтому в Вашем случае - я бы (на мой взгляд) "протянул" КПП предприятия в накладную (т.е. сохранял бы значение КПП в шапке накладной (CustInvoiceJour)). Т.к. код един для Cust- и Vend- таблиц - то возможно придется "протянуть" КПП еще и туда (по ходу выявится).
После этого - необходимо ориентировать печатную форму накладной на это новое поле и джобиком обновить поле старым КПП в исторических данных
Хотя - это только мнение - может кто другую мысль выскажет.