Как говорится, сам спросил, сам ответил
Не знаю, в чем конкретно проблема была, но решение нашлось.
Если запустить AxDb Upgrade на машине, где находится БД 4-ки, то всё ок.
До этого AxDb Upgrade запускалась с сервера, где стоит БД 3-ки.
Вдруг, кому пригодится
