[kashperuk]

если от RunBaseReport, то можно в initQuery(), к примеру

а вообще - см.метод queryRun() - он содержит выполнимый запрос. Его можете менять.
Поставьте бряк, посмотрите, откуда он вызывается, и вставьте добавление фильтров перед этим.